A Mesa Diretora da Assembleia Legislativa de Pernambuco (Alepe), formada por presidente; primeiro vice-presidente; segundo vice-presidente; primeiro secretário; segundo secretário; terceiro secretário; quarto secretário, assim como no âmbito municipal, tem como responsabilidade representar a Alepe e gerenciar questões administrativas.
Há alguns benefícios diferenciados para presidente e primeiro secretário, entre os quais um gabinete específico com tamanho maior que os demais, e abono sobre o valor recebido a título de verba de representação, equivalente a 100%, para o presidente. Com isso, o ocupante do cargo, que como deputado receberia R$ 72 mil de verba de gabinete, passa a receber R$ 144 mil mensais, podendo ainda contratar o dobro de cargos comissionados.
No caso de primeiro e segundo vice-presidentes o aumento na verba corresponde a 70%; o primeiro secretário recebe 90%; e os segundo, terceiro e quarto 70%. O acréscimo é descrito no regimento interno como destinado à estrutura dos gabinetes, no que se refere à lotação de pessoal. Ao presidente da Alepe cabe ainda substituir o governador pernambucano em casos pré-estabelecidos na Constituição do Estado e representar o Poder Legislativo em juízo. O incremento na verba garante ao presidente da Casa a possibilidade de contratar o dobro de assessores. Mas, segundo o secretário João Fernando Coutinho, a estrutura de funcionários ligados ao presidente é composta em sua maior parte por servidores concursados.
Na Alepe também está próximo o fim do mandato do grupo atual e uma nova eleição deve ocorrer entre os dias 1º de dezembro deste ano e 1º de fevereiro de 2013. João Fernando pretende ser reconduzido ao cargo juntamente com o atual presidente Guilherme Uchoa (PDT). Ele assegura que já conta com o apoio de mais de 40 deputados. Entretanto, como o voto é secreto, o socialista pode ter uma surpresa desagradável nas urnas, oois seu correligionário, Leonardo Dias, tem sido apontado como uma alternativa para renovação da primeira secretaria sem, no entanto, tirar o cargo das mãos do PSB. Outras mudanças podem ocorrer. O primeiro vice-presidente, Marcantônio Dourado (PTB) pode ser substituído por Júlio cavalcanti (PTB). Na segunda vice-presidência, sairia Edson Vieira (PSDB) e entraria André Campos (PT). Em troca, os tucanos assumiriam a segunda secretaria com Claudiano Martins (PSDB) no lugar de Sérgio Leite (PT).
